行政会计制度改革最显著的特征是确立了“财务会计与预算会计适度分离并相互衔接”的核算模式。财务会计采用权责发生制，侧重反映单位的财务状况、运行成本和现金流量。预算会计则沿用收付实现制，主要核算预算收入、预算支出和预算结余。这种“双功能”设计意味着每一笔经济业务可能需要在两个系统中同时记录。例如，单位购买固定资产时，财务会计需确认资产和负债，而预算会计则需记录预算支出。这种并行机制让财务人员需要同时掌握两套逻辑，工作量和判断难度都有所增加。
在实操中，平行记账成为核心技能。不是所有业务都需要平行记账，只有纳入部门预算管理的现金收支业务才需同时进行财务会计和预算会计处理。对于不涉及现金的往来款项、资产折旧等业务，仅需在财务会计中核算。这要求财务人员首先判断业务性质：是否涉及预算资金？是否产生现金流入或流出？只有准确识别，才能避免重复记账或漏记。例如，单位收到同级财政拨款，财务会计记“财政拨款收入”，预算会计同时记“财政拨款预算收入”，两者的金额和科目需要对应。
这种双基础核算对报表编制也产生了深远影响。财务会计产出资产负债表、收入费用表等，反映单位整体财务状况。预算会计则产出预算收入支出表、预算结转结余变动表等，体现预算执行情况。两套报表之间通过“差异调节表”建立勾稽关系。财务人员需要每月或每季度编制差异调节表，将财务会计与预算会计的差异项目逐项列示，如固定资产折旧、应收账款等。这一过程考验着对业务实质的理解，也是确保两套账目一致的关键环节。
新制度对会计科目进行了全面重构，取消了旧制度中的“经费支出”“拨入经费”等科目，新增了“业务活动费用”“单位管理费用”“财政拨款收入”等科目。同时引入资产折旧与摊销、坏账准备等概念，使得科目体系更加精细化和专业化。例如，固定资产不再一次性列支，而是按月计提折旧计入费用。这种变化要求单位必须对现有资产进行全面清查，核实资产原值、使用年限和净值，确保折旧计算准确。财务人员需要建立资产台账，并与资产管理部门协同，保证数据同步。
科目衔接是改革初期的难点。单位需要根据新制度要求，将旧账套中的余额重新分类转入新科目。这个过程通常包括编制“新旧科目余额对照表”，明确每个旧科目对应哪些新科目。例如，旧制度中的“固定基金”需要转入新制度的“累计盈余”。对于预算会计科目，旧制度中的“结余”需分解为“财政拨款结转”“财政拨款结余”“非财政拨款结转”等多个明细科目。操作时务必保持谨慎，建议在正式切换前进行模拟转换，检查勾稽关系是否平衡。
实际操作中，很多单位会遇到“往来款项”处理不清的问题。旧制度下，部分单位对暂付款、暂存款等科目管理较为粗放，新制度要求这些款项必须清晰分类。例如，暂付款需区分是否属于预算内资金，如果是预算内暂付，则需在预算会计中同步记录。
财务人员应当整理所有往来款项的明细，核实账龄和性质，对长期挂账的款项进行清理。同时，新增的“坏账准备”科目要求单位对应收账款计提减值，这需要结合历史数据制定合理的计提比例。
对于小型行政单位来说，科目设置可以适当简化，但必须遵循新制度的基本原则。单位可以根据自身业务特点，在不违反规定的前提下合并部分明细科目。例如，业务活动费用和单位管理费用可以合并为“业务活动费用”科目。但是，预算会计的“财政拨款结转”和“财政拨款结余”必须严格分开，不能混用。财务人员应当参考上级主管部门的指导文件，结合单位实际制定科目使用说明，确保内部核算口径统一。
平行记账是行政会计制度改革带来的最大实操挑战。它要求财务人员在处理每笔业务时，先判断是否同时涉及财务会计和预算会计。判断标准主要有三条：该业务是否属于纳入部门预算管理的现金收支？
是否同时影响单位的财务状况和预算执行？是否需要同时反映资产/负债变化和预算结余变动？只有满足这三个条件，才需要进行平行记账。例如，单位用财政拨款支付办公费，既是预算支出，也是费用发生，需要平行记账。而单位计提固定资产折旧，不涉及现金收支，只需在财务会计中处理。
在实际分录编制时，财务会计和预算会计的科目必须保持对应关系。以采购办公设备为例，财务会计分录为：借“固定资产”，贷“财政拨款收入”或“银行存款”；预算会计分录为：借“行政支出”或“事业支出”，贷“财政拨款预算收入”或“资金结存”。两者金额必须一致，但科目性质不同。财务人员需要熟记常用业务的对应关系，例如财政直接支付业务、授权支付业务、非财政资金业务等。建议单位整理一份“平行记账业务对照表”，列出常见业务的会计分录范本，方便日常查阅。
月末对账是平行记账的重要环节。财务人员需要将财务会计的“银行存款”与预算会计的“资金结存”进行核对，确保两者余额勾稽关系正确。同时，需要编制“本期预算结余与本期盈余差异调节表”，将财务会计的“本期盈余”调整为预算会计的“本期预算结余”。差异主要来自折旧摊销、应收账款、应付账款等项目。例如，财务会计计提折旧减少盈余，但预算会计不反映折旧，因此需要加回。对账过程虽然繁琐，但能有效发现记账错误，避免两套账目出现不一致。
新制度要求单位同时编制财务会计报表和预算会计报表，报表种类和复杂度大大增加。财务会计报表包括资产负债表、收入费用表、净资产变动表等，预算会计报表包括预算收入支出表、预算结转结余变动表等。这些报表之间需要相互衔接，数据来源必须一致。财务人员需要建立报表编制流程，明确每个报表的数据来源和勾稽关系。例如，资产负债表的“财政拨款收入”应与预算收入支出表的“财政拨款预算收入”存在对应关系，但金额可能因权责发生制调整而不同。
信息化系统是应对报表复杂性的重要工具。绝大多数行政事业单位已经部署了政府会计制度专用软件，能够自动生成平行记账分录和大部分报表。但是，系统自动生成的数据需要人工审核，特别是涉及差异调整的业务。财务人员应当熟悉软件功能，利用系统提供的“凭证模板”和“自动转账”功能减少重复工作。例如，对于每月固定的折旧计提、利息计提等业务，可以设置自动生成凭证。同时，定期备份数据，确保系统故障时能够恢复。
在实操中，很多单位会遇到“报表不平”的问题。这通常是由平行记账不一致、科目使用错误或数据录入遗漏造成的。解决方法是逐笔核对凭证，检查财务会计和预算会计的金额是否匹配。同时，利用软件的“对账功能”检查总账与明细账的一致性。如果差异无法定位，可以先编制“差异调节表”，将已知差异逐项列示，再反向推导找出错误。例如，如果财务会计的“银行存款”余额大于预算会计的“资金结存”，可能是存在未入账的预算外收支，需要补充记账。
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